Durant segles, la paràbola va ser llegida contra la religió jueva: el fariseu era equiparat al jueu i el recaptador al cristià. Ben mirat, Jesús ha pretès posar en escena dues modalitats contraposades de relacionar-se amb Déu i amb el proïsme, que es poden verificar en qualsevol àmbit religiós, inclosa l'Església.
El risc de considerar impecables i l'exigència de desacreditar als altres per enaltir pertany, malauradament, al gènere humà, al marge de la religió que es professi. Sobre la lectura equivocada de la paràbola, potser hi ha tingut un paper determinant el prejudici que considera el judaisme com una religió de mèrits i al cristianisme com la religió de la gràcia. Així es corre el risc de presentar un retrat falsejat l'Antic Testament, com si aquest confessés a un Déu diferent del de Jesucrist i al de les primeres comunitats cristianes.
En realitat, en l'Antic Testament, la justícia de Déu està referida a la salvació i la misericòrdia, com canta el profeta Osees: «Jo et prendré com a esposa per sempre; et prendré com a esposa en justícia i en dret, en amor i en compassió» (s 2,21). Pel Salm 145,7-8 les generacions dels homes que se succeeixen en el temps: [...] Difonen la memòria de la teva immensa bondat, i aclamen el teu justícia. El Senyor és compassiu i benigne, lent per al càstig, gran en l'amor.
La Regla de la Comunitat 11,11-12 de Qumran conté una estupenda oració sobre la justícia misericordiosa de Déu:
Pel que fa a mi, si ensopego, la misericòrdia de Déu serà la meva salvació per sempre;
si caic en la culpa de la carn, en la justícia de Déu, que roman eternament, estarà el meu judici.
Estem a una distància abismal de la visió d'un Déu que es limita a jutjar l'home pel seu pecat. El pecat és el pecat i cal no confondre mai amb el bé; però la justícia de Déu és justícia quan es transforma en la misericòrdia i en la remissió dels pecats.
L'Antic i el Nou Testament estan traspassats per una justícia que revela el rostre misericordiós de Déu, sense confondre mai el bé amb el mal, sinó transformant el mal en bé. Tot el que Jesús ha il·lustrat amb la paràbola del fariseu i el publicà, Pau ho ha explicat deixant-se arribar per l'amor de Crist. L'escàndol que Jesús provoca en tots els que pensen que són justos està potenciat pel de la creu: «A qui no va conèixer pecat, el va fer pecat per nosaltres, perquè vinguéssim a ser justícia de Déu en ell» (2Co 5, 21). Amb la seva creu, Jesús ha estat fet pecat perquè la justícia de Déu arribi a tots, establint amb cadascun una relació justificada. La paràbola del fariseu i el publicà ens situa a cadascú davant d'una enorme paradoxa: el pecador és justificat, mentre que no es pot dir el mateix del just presumptuós. On està el judici cap a l'altre desapareix la justícia de Déu.